No solo es notable por su diversidad, sino también por su alto nivel de endemismo. La península alberga especies que no se encuentran en ningún otro lugar del mundo, lo que convierte a la región en un punto “caliente” de biodiversidad. Entre ellas se destacan especies como la Salamandra lengua de hongo yucateca (Bolitoglossa yucatana) o la Iguana rayada (Ctenosaura similis), que dependen de ecosistemas específicos que, lamentablemente, están siendo cada vez más amenazados.
| Nombre común | Nombre científico | Registro de la especie | NOM-059 | Distribución importante | Toxicidad | Importancia Médica |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Abaniquillo de Yucatán | Anolis ustus | Kinchil | ||||
| Ameiva Arcoiris | Holcosus undulatus | Sahé Sotuta | Endémica | |||
| Anolis fantasma | Anolis lemurinus | Kinchil Sotuta | ||||
| Basilisco Marron | Basiliscus vittatus | Kinchil Sahé Sotuta | ||||
| Bejuquilla Café | Oxybelis potosiensis | Kinchil Sotuta |  Ligero | |||
| Bejuquilla Verde | Oxybelis fulgidus | Kinchil Sahé Sotuta | Ligero | |||
| Besucona | Hemidactylus frenatus | Kinchil Sahé Sotuta |  Introducida | |||
| Boa | Boa imperator | Kinchil Sahé Sotuta | Amenazada | |||
| Cantil Yucateco | Agkistrodon russeolus | Sahé Sotuta | Endémica | Venenoso |  Sí | |
| Cascabel Yucateca | Crotalus tzabcan | Kinchil Sahé Sotuta | Venenoso | Sí | ||
| Cocodrilo de Pantano | Crocodylus moreletii | Kinchil |  Protegida | |||
| Coralillo del Sureste | Micrurus diastema apiatus | Sahé | Protegida | Venenoso | Sí | |
| Culebra caracolera chata | Dipsas brevifacies | Sahé | Protegida | Endémica | ||
| Culebra Caracolera Pigmea | Geophis sanniolus | Sahé | ||||
| Culebra Chirriadora Neotropical | Masticophis mentovarius | Sahé | ||||
| culebra ciempiés de vientre negro | Tantilla moesta | Sahé | Endémica | Ligero | ||
| Culebra Ciempiés Yucateca | Tantillita canula | Sotuta | Endémica | Ligero | ||
| Culebra Cordelilla Centroamericana | Imantodes gemmistratus | Kinchil | Protegida | Ligero | ||
| Culebra de rayas negras | Coniophanes imperialis | Kinchil | ||||
| Culebra Guardacamino Liniada | Conophis lineatus | Kinchil Sahé Sotuta | Ligero | |||
| Culebra lagartijera común | Mastigodryas melanolomus | Sahé Sotuta | ||||
| Culebra Naricilla Manchada | Ficimia Publia | Sahé | ||||
| Culebra ojo de gato de selva | Leptodeira frenata | Kinchil Sahé Sotuta | Ligero | |||
| Culebra Perico Mexicana | Leptophis mexicanus | Kinchil Sahé Sotuta | Amenazada | Ligero | ||
| Culebra Ratonera Yucateca | Pseudelaphe phaescens | Sotuta | Endémica | |||
| Culebra rayada de Schmidt | Coniophanes schmidti | Kinchil Sotuta | Endémica | Ligero | ||
| Culebra Resoplona Norteña | Phryonax poecilonotus | Sotuta | Ligero | |||
| Eslizón Maya | Marisora lineola | Kinchil Sotuta | ||||
| Falsa Coralillo Real Centroamericana | Lampropeltis abnorma | Sahé | ||||
| Geco Cola de Nabo | Thecadactylus rapicauda | Sotuta | Protegida | |||
| Geco Manchado | Coleonyx elegans | Kinchil Sahé Sotuta | Amenazada | |||
| Huico Yucateco | Aspidoscelis angusticeps | Sahé Sotuta | Endémica | |||
| Iguana Rayada | Ctenosaura similis | Kinchil Sahé Sotuta | Amenazada | |||
| Iguana Yucateca de Cola Espinosa | Cachryx defensor | Kinchil Sotuta |  Peligro de extinción | |||
| Lagartija de abanico amarillo | Anolis rodriguezii | Kinchil Sahé Sotuta | ||||
| Lagartija Escamosa Pintas Amarillas | Sceloporus chrysostictus | Kinchil Sahé Sotuta | Endémica | |||
| Lagartija Espinosa Azul | Sceloporus serrifer | Sahé | ||||
| Lagartija Espinosa de Lundell | Sceloporus lundelli | Kinchil | Endémica | |||
| Petatillo de Puntas Verdes | Drymobius margaritiferus | Kinchil Sahé Sotuta | ||||
| Rana Arboícola Mexicana | Smilisca baudinii | Kinchil Sahé Sotuta | ||||
| Rana Arborícola Lechosa | Trachycephalus typhonius | Kinchil Sahé Sotuta | ||||
| Rana arborícola vermiculada | Trachycephalus vermiculatus | Kinchil |  Medio | |||
| Rana de árbol amarilla | Dendropsophus microcephalus | Kinchil | ||||
| Rana Ladradora Yucateca | Craugastor yucatanensis | Sotuta | Protegida | Endémica | ||
| Rana Leopardo | Lithobates brownorum | Kinchil Sotuta | Protegida | |||
| Rana Pico Pala | Triprion petasatus | Sotuta | Protegida | Endémica | ||
| Rana termitera | Hypopachus variolosus | Kinchil | ||||
| Ranita arborícola de Stauffer | Scinax staufferi | Kinchil | ||||
| Ranita de bigotes | Leptodactylus fragilis | Kinchil Sotuta | ||||
| Ranita de la hojarasca | Leptodactylus melanonotus | Kinchil | ||||
| Salamandra Lengua de Hongo Yucateca | Bolitoglossa yucatana | Sotuta | Protegida | Endémica | ||
| Sapo costero | Incilius valliceps | Kinchil Sahé Sotuta | Medio | |||
| Sapo Gigante | Rhinella horribilis | Kinchil Sahé Sotuta | Medio | |||
| Serpiente alacranera | Stenorrhina freminvillei | Sahé | ||||
| Serpiente tigre | Spilotes pullatus | Kinchil | ||||
| Serpientes Indigo (Cola negra) | Drymarchon melanurus | Kinchil Sahé Sotuta | ||||
| Tortuga de Caja Común | Terrapene carolina | Kinchil | Protegida | |||
| Tortuga de Guadalupe | Trachemys venusta | Kinchil | Sí | |||
| Tortuga Mojina de Monte | Rhinoclemmys areolata | Kinchil | Amenazada | Sí | ||
| Tortuga Pecho Quebrado Escorpión | Kinosternon scorpioides | Kinchil | Protegida | |||
| Nombre común | Nombre científico | Registro de la especie | NOM-059 | Distribución importante | Toxicidad | Importancia Médica |
